सोवियत काल के बाद, किर्गिस्तान की स्वास्थ्य प्रणाली में स्वास्थ्य पेशेवरों और चिकित्सा की बढ़ती कमी का सामना करना पड़ा है। किर्गिस्तान को अपनी सभी फार्मास्यूटिकल्स आयात करनी चाहिए। निजी स्वास्थ्य सेवाओं की बढ़ती भूमिका ने बिगड़ती राज्य समर्थित प्रणाली को पूरक बनाया है।^[1] 2000 के दशक के प्रारंभ में, स्वास्थ्य देखभाल पर सार्वजनिक व्यय कुल खर्चों के प्रतिशत के रूप में घट गया, और जनसंख्या की संख्या डॉक्टरों की संख्या में काफी हद तक बढ़ गई, 1996 में प्रति डॉक्टर 296 से 2001 में प्रति डॉक्टर 355 हो गई। एक राष्ट्रीय प्राथमिक देखभाल स्वास्थ्य प्रणाली, मानस कार्यक्रम को 1996 में किर्गिस्तान विरासत में मिली सोवियत प्रणाली के पुनर्गठन के लिए अपनाया गया था। इस कार्यक्रम में भाग लेने वाले लोगों की संख्या में धीरे-धीरे विस्तार हुआ है, और प्रांत स्तर के परिवार चिकित्सा प्रशिक्षण केंद्र अब चिकित्सा कर्मियों को पुनः नियुक्त करते हैं। एक अनिवार्य चिकित्सा बीमा कोष 1997 में स्थापित किया गया था।^[2] बड़े पैमाने पर दवा की कमी के कारण, 1990 के दशक के अंत में और 2000 के दशक की शुरुआत में संक्रामक रोगों, विशेष रूप से तपेदिक की घटनाओं में वृद्धि हुई है। मृत्यु के प्रमुख कारण हृदय और श्वसन की स्थिति हैं। की घटना की आधिकारिक अनुमान मानव इम्यूनो वायरस (एचआईवी) बहुत कम किया गया है (830 मामलों आधिकारिक तौर पर फरवरी 2006 के रूप में सूचित किया गया है, लेकिन वास्तविक संख्या 10 गुना होने का अनुमान था कई हैं)। किर्गिस्तान के दशक में एचआईवी मामलों की एकाग्रता दवा इंजेक्शन लगाने और जेल आबादी एचआईवी घटना होने की संभावना में वृद्धि करता है। आधे से अधिक मामले ओश में हुए हैं, जो एक प्रमुख नशीले पदार्थों की तस्करी के मार्ग पर है। मातृ नैतिक दर 2008 से 2009 तक प्रति 1000,000 जन्मों पर 15% से 62% से अधिक हो गई। गैर-सरकारी अध्ययनों के अनुसार, चीजें आधिकारिक आंकड़ों से खराब होती हैं।